В принципе, и .pdf, и .chm неплохи. Но как-то сложилось, что у меня 90 % справочников-учебников в .pdf
.djvu IMHO отстой полнейший (хотя, могло быть, просто нормально сделанной книги не попалось пока) Сканы читать в большом объеме - мука смертная. Ну нафига такая пережатость, что потом пучить глазки приходится? (хотя тут намедни принесли .pdf аналогичнымм способом составленный (скан) что-то около 400 листов. Пришлось FineReaderом в Word перегонять, чтобы работать с ним)
Оглавление.
Оглавление просто жизненно необходимо. Представь справочник, скажем, по MapInfo, а это более 600 страниц. Без оглавления можно смело намыливать веревку. Конечно, объемы у .pdf нефиговые, но acrobat новый разворачивает файло в момент. А качать - так я лучше лишний десяток метров стяну, но хоть париться не буду впоследствии.