еще очень неплохо было бы, чтобы эта программа интегрировалась в интернет-магазин.
на сегодня есть связка с 1с для всех движков, так что для россии это, наверное, самый оптимальный вариант.
из западных программ такого рода могу назвать interapptive shipworks.
в плане связки интеграция с ней есть в последней (6.0.14) версии interspire shopping cart