Проблема стара и насколько я знаю стандартизированного, простого метода его решения несуществует...
Один из вариантов программа nLite - позволяет интегрировать в дистрибутив винды дополнительные инсталяторы, теоретически можно туда напихать всё что нужно и вместе с установкой оси, поставятся и программы, но настройки нужно сохранять и востанавливать отдельно.
Программы (названий сейчас не вспомню) позволяющие сохранить настройки некоторых программ действительно есть, но они актуальны для ограниченного списка прог и лишь потому что в них уже забито что и откуда копировать, а одно из требований безопасности не ставить программное обеспечение с путями по умолчанию
На мой взгляд с бОльшим успехом можно вручную (с помощью прог FileMon и RegMon) отследить где программа хранит свои настройки, а дальше несложно сохранить эти настройки, однако если счёт программ установленных в системе идёт на десятки, а то и сотни, то значительно проще ставить и конфигурить их настройки стандартным образом.
Можно один раз напрячься и создать так сказать универсальный образ загрузочный ISO, интегрировав в него всё необходимое, а потом лишь править его, добавляя или удаляя программы и их настройки (за этим придёться следить, что достаточно муторное занятие), что позволит всего за два три движения рук ставить полностью готовую систему.
Так же есть вариант создания контейнеров для каждой программы (понадобиться виртуальная машина) - так называемые портативные программы, один раз создал контейнер со всеми настройками и пользуйся где угодно. Но на мой взгляд способ хорош для пары-тройки прог, но уже ни как не для всего что нужно в системе.
В последнее время я склоняюсь к связке VMWare (либо другая виртуальная машина) + Acronis SnapDeploy, что позволяет с меньшими трудностями поднимать новую ось со всем программным обеспечением и настройками (в виртуальной среде "старой" системы), а затем портировать её из виртуальной среды на реальное железо. Способ достаточно мудрёный, но на мой взгляд имеет ряд очень существенных преимуществ, перед обычным поднятим системы...
Я думаю что лучшим решением было бы перекомпилировать и перепаковывать, под свои настройки, дистрибутивы программ которыми ты пользуешься