Я думаю тут надо писать драйвер см. MSDN
1) Windows Drivers
2) Kernel-mode drivers
3) Highest-level drivers
Это очень похоже на то как DiskKeeper делает консолидацию
каталогов в Kernel-mode, т.е. до загрузки непосредственно windosa.
Еще я думаю что драйвер тебе(E_C) придется либо писать самому, либо найти в среде
твоих знакомых энтузиаста за бесплатно помочь в этом не легком деле, потому как
наврядле существует такой софт. Ну или здесь на форуме может кто поможет.
все IMHO.
-----------
PS
А тему я так мыслю навскидку можно назвать
LOW-LEVEL SCHEDULE TASK FOR WINDOS
-------------
Я тут подумал , Я конечно не админ, но может быть можно написать bat файл в котором указать какой раздел форматнуть, а далее так:
1) control panel
2) Scheduled Tasks
3) add Scheduled Tasks
4) browse
5) выбрать наш bat файл
6) when my computer start
7) ну а там сам разбирайся