вообщето есть проги делающие дефрагментацию (оптимизацию) файла подкачки и реестра при выходе из виндов... А что касаемо чистки реестра - то чистка чистке рознь... Я это к тому что у меня штук пять прог только для чистки реестра и за месяц, в среднем, накапливается несколько сотен ненужных записей в реестре которые они сносят, а многие из этих записей при загрузке оси перечитываются системой... Учитывая что ось постеменно всё больше и больше начинает тормозить, то самое реальное объяснение данной проблемы - захламлённость системы, следовательно надо хорошенько её прочистить...
Вот например такой момент: насколько часто Вы ставите и удаляете программы из системы? А главное как Вы их ставите и удаляете, если стандартными средствами системы, то это плохо - они оставляют очень много грязи и её потом надо вычищать вручную!
И ещё... Вы пишите что в автозагрузке прог поминимуму, я вообщето имел ввиду всю автозагрузку, а не только проги, а там ещё службы и не только системные (кстати многие из них тоже можно отрубить), куча ненужных библиотек которые грузяться с системой и хорошо если они хоть есть, а то возможна ситуаци когда библиотек нет, а они прописаны в системе и она начинает их искать... Советую скачать прогу Autoruns вот с этого адреса
Как увидеть ссылки? | How to see hidden links? и внимательно глянуть что, а главное зачем грузиться...