Для справочников или для книг, где постоянно нужно "прыгать" туда-сюда, предпочтительнее для меня CHM. Но, к сожалению, хорошо сделанных в этом формате книг совсем мало.
Для техдокументации - pdf
Для художественной литературы - лучше fb2 формата не знаю.
DJVU - на самый крайний случай, если к4ачество не очень принципиально