Какой у тебя солид и ОС?
С подменой файлов что-либо поделать, я думаю, не удастся. Просто надо быть более аккуратным или использовать PDM, что несколько организует...
Насчет открытия большого количества сборок. "Много" - это сколько? Сам почти никогда больше 2-х сборок не открывал, но ради эксперимента попробовал... SW64SP1.1 Спокойно открывает четыре сборки (по 100-250 деталей) с чертежами, перестраивает и сохраняет.
Я лично, наоборот, заметил, что SW 2007 (и x32, и x64) работает заметно стабильнее, по крайней мере, по сравнению с 2006.
А с конфигурациями проблем вообще не возникало...
Буду рад помочь в устранении подобных косяков...