IMHO, под Win XP скорость работы с файлами в обеих файловых системах примерно одинаковая (наблюдал на различных HD).
В смысле надёжности, конечно, NTFS намного продвинутей. Более того, в некоторых случаях только она позволяет корректно работать "железу".
Имею личный опыт, когда хорошая, но не самая новая мать от Gigabyte с последним апдейтом BIOS, предназначенным для распознавания HD объёмом более 120 Gb, под FAT32 систематически губила файлы преимущественно в начале и конце диска (файл системой виделся, но бинарное содержимое его совершенно менялось). И только переход на NTFS позволил забыть об этой проблеме.
Так что я за NTFS!!!